《广西北部湾经济区发展规划》获得国家批准实施以来，背靠大西南、面向东南亚，具有深水港和良港的区位优势，使得防城港物流市场迅速火爆。借助北部湾开发热潮，近年来，防城港物流企业快速增长，据初步统计，目前全市初具规模物流企业总数约为400多家。
其中，水运企业23家，道货物运输企业及相关企业201家，快递企业及分支机构54家，国内代理企业45家，国际代理企业10家，港口经营企业25家。全市物流企业仓库面积约为50万平方米，堆场面积约为500万平方米。
2005年，市组织编制了《东湾物流加工园区控制性详细规划》，初步明确了园区产业布局与土地利用、交通和基础设施建设，以适应园区快速发展和港口吞吐量日益增长的需要。
2015年，防城港邀请全国物流规划权威、最顶尖的物流规划设计院——中物联规划设计研究院参与防城港市现代物流业的顶层设计和总体规划的顶层设计工作，先后完成编制了《防城港市公车物流园区物流专项规划》和《防城港市区域性国际物流中心发展规划》，实现了现代物流规划体系完成全面升级，全市冷链物流、工业生产性物流、商贸物流、港通物流、边境跨境物流体系的规划发展思逐步清晰。
在不断优化规划布局的基础上，防城港通过大力开展土地调整置换和资源整合，积极引导企业转型升级，引进战略合作伙伴，先后建设和引进了防城港保税物流中心（B型）、防城港集装箱办理站（南宁铁局最大的集装箱办理站）、中外运国际集装箱物流中心、中海油广西LNG储运项目、桂海跨境电商物流园、新港铁物流园、防城港十八方冷链物流集散中心等一大批带动力较强的重点产业项目。
2017年，市财政安排了150万元项目服务前期工作经费，用于开展《防城港建设中国-东盟冷链物流枢纽、培育百亿级冷链产业集群专项规划》和《防城港市综合保税区》编制工作，目前相关前期工作已基本完成。
2016年，防城港市冷链物流产业协会正式成立。目前，该协会已有会员50多家，涵盖农产品贸易、冷链运输、冷链加工等多家企业，已初步形成了以东兴北部湾国际海产品市场、江平工业园和企沙中心渔港为主的冷链加工物流，全市规模以上的水产品冷链加工企业约20家。
其中，防城港铁冷链物流已成为全国各地发展铁冷链物流重要示范标杆。截至2017年12月初，防城港发往、沈阳、上海各大城市共公铁联运开行了125列、925个冷藏箱，共2.6万吨。同时，率先在国内以公海联运的方式，将东盟海产品经防城港发往沈阳、天津、营口等地。
防城港积极利用互联网思维和技术升级传统物流市场和企业，加快线月开工建设东湾智慧物流园区信息平台项目，总投资2167万元，项目一期已于2016年12月份上线家。
该平台利用云计算、物联网、大数据等现代信息技术，为园区提供全方位的运营管理服务，进一步改善和提升企业的发展生态，促进园区转型升级和创新发展。
在此基础上，构建了物流公共信息平台，接入东湾物流园区天网工程、防城港社会物流直报系统，积极推动物流业、大型制造业、批发零售业、商贸业和交通、港口、口岸等各行业物流要素集聚，全面提升物流信息化水平和跨区域能力。
据初步统计，东湾物流园区基础设施累计投入超过30亿元，基础设施日臻完善，水、电、网布局完备，全面开发建设的条件已经成熟。
道方面，建成面积超过50万平方米。其中，东湾大道作为防城港的疏港主通道，贯穿园区，道全长13.06千米，道宽度50米，道等级为城市主干道Ⅱ级，双向八车道，目前已全线建成通车。
航道方面，配套东湾第四作业区、第五作业区的进港航道也正在加快推进中。高新区物流板块、冲仑物流园、茅岭物流园等重要物流园区道、铁等基础设施项目也在稳步推进。